את המאמר "כוונות וייחודים: מעין שירה בפרוזה" פרסם הרב צייטלין ב"לוח אחיאסף" לשנת תרס"ג (1903), שהיה מאסף ספרותי שיצא בכל שנה בחודשי הקיץ, לקראת ראש השנה.
סגנונו של הרב צייטלין במאמר זה הוא ייחודי לפרסומיו באותה תקופה, וגם התוכן הוא בעל גוונים דתיים-מיסטיים – מה ששולל את ההפרדה החותכת בין תקופות החיים השונות שעברו עליו.
את המהדורה הראשונה פתח הרב צייטלין במילים: "לקיים מה שכתב הצדיק רבי משה לייב מסאסוב, הנני פותח את החלון בשעת תפילתי".
גם סדרת מאמרים זו, שהתפרסמה בשבועון "הדור" בשנת תרס"א (1901), עוסקת בפעילותו של הרב צייטלין במסגרת התנועה הציונית. הרב צייטלין השתתף כציר בקונגרסים הציוניים החמישי, השישי והשביעי, ופרסם מאמרי דעה רבים בשאלות השעה.
במאמר זה, שאינו בעל כיוון רעיוני ברור, מתפלמס הרב צייטלין עם משנותיהם ורעיונותיהם הלאומיים של אחד-העם וברדיצ'בסקי. ביקורת ספרות, פילוסופיה, פובליציסטיקה ואתיקה משמשים בו בערבוביה, וגם נימה של ביקורת כנגד הדת. הרב צייטלין בא בשם סבלו של היהודי הפשוט במזרח אירופה, ובין היתר מעיר:
"אינני מוצא, לדאבון נפשי, בכל קינותיו וצעקותיו של ברדיצ'בסקי, שיצטער על צערו של כל שמואל, של כל חיים וכל זלמן ממש, שיכאב לבו על כל עניותו של היהודי היושב בערי התחום, המטופל באשה ובנים ואינו יודע כלל מאין ימצא לחמו […] אם היה ברדיצ'בסקי מרגיש את כל זאת, היו ספקות עולים – אולי אין אוזניים קשובות לערכי חיים חדשים, מפני שעיקר החיים אין לנו?"
סדרת המאמרים "הרהורים" התפרסמה בשבועון "הדור" בשנת תרס"א (1901). הרב צייטלין דן בה בתנועה הציונית, שלדבריו אמורה לחתור ל"תחיה שכלית, מוסרית ואסתטית […] רעיון תחית ישראל האמיתית קשור בעיניי בהכרח עם האידאלים האנושיים של הנביאים".
תמונתו של הרב צייטלין מראשית המאה העשרים, מתוך: "דיוקנאות סופרים"
בשלב מוקדם של יצירתו, ותוך כדי פרסום סדרת המאמרים "הטוב והרע", רואה אור בוורשא בשנת תר"ס (1900) ספר ראשון פרי עטו של הרב צייטלין הסוקר את חייו ומשנתו של ברוך שפינוזה.
בעיני הרב צייטלין, שפינוזה היה בראש ובראשונה אדם למוד-סבל, שחי "חיים פשוטים ועניים", "חיי עוני וצער", שהיו מלאים במחסור ועינויי נפש. במרכז החיבור עומדת התמה שסיפור ההתמודדות האצילי של שפינוזה עם סבלו ועם רודפיו אמור לשמש מופת מוסרי, שכן הוא היה "איש הלוחם בעד חופש ואור". הרב צייטלין קובל על כך שהחוקרים מתמקדים בדעותיו הפילוסופיות-תיאולוגיות, בעוד עיקר שיטתו וחידושו נעוץ – לדידו – ב"השקפותיו הפסיכולוגיות והמוסריות", שהיו תולדת חייו הייחודיים (שם, עמ' 3):
"מי שיודע למצוא את היופי והנשגב שיש בחיים פשוטים ועניים, אך שלמים ומתאימים כל צרכם עם האידאלים המוסריים האמיתיים, שאינם דורשים מעשים גדולים דווקא, כי אם אמת ורק ואמת – הוא ימצאם בחיי הפילוסוף הזה"
הקירבה הביוגרפית המעניינת שבין הרב צייטלין לשפינוזה נידונה בספרו של שרגא בר און, "בין סער לדממה", בפרק שהקדיש לחיבור זה.
בין השנים תרנ"ט-תרס"ב (1899-1902) פירסם הרב צייטלין בהמשכים את סדרת המאמרים "הטוב והרע על פי השקפות חכמי ישראל וחכמי העמים" בעיתון "השִלֹחַ" של אחד העם. מדובר בפרסום ראשון של רעיונותיו שלו בדפוס, ובעבודה רחבת היקף יחסית.
ב"הטוב והרע" מנתח הרב צייטלין את בעיית הסבל שבקיום האנושי, וסוקר את השיטות הרעיוניות השונות שהופיעו על במת ההיסטוריה של הרעיונות על מנת להתמודד איתה: החל מהיוונים הקדמונים והבודהיזם, וכלה בשופנהאואר ובניטשה. וכמובן שגם מקומם של חכמי ישראל לא נפקד.
מכתבו של הרב צייטלין לאחד העם: "יודיעני נא כבודו מתי יחל להדפיס את פרקי הטוב והרע האחרונים?". בהמשך הוא מודיע על כוונתו לכתוב חיבור נוסף, "היהדות לפני כסא משפט החוקרים האחרונים".